1、背景公司不同：
理财通是腾讯旗下的上海腾富金融信息服务有限公司代销的理财产品；而余额宝是支付宝旗下的一款现金增值业务，二者都不能发行产品，都是基金或理财的产品代销机构。
2、性质不同：
微信理财通是属于一个理财平台，里面是有很多理财的，并且理财的风险和收益都是会有区别的，选择性比较多，对应的风险也不一样；但余额宝可选择性是比较小的，余额宝主要是对接的货币基金，里面只能选择货币基金，并且货币基金的数量也不多，基本上都是属于低风险、收益比较稳定。
3、灵活性不同：
余额宝的灵活性是比较好的，可以随时存入和随时取出，里面的资金还可以用于消费、转账、红包等，十分的方便；但理财通是属于一个理财平台，里面的资金不能消费，不能转账，只有零钱通里面的资金才可以。并且里面的理财有多种的，但大部分都是T+1日才可以赎回到账，在灵活性方面是余额宝占优势的。
4、收益率不同：
虽然都对接的是货币基金，但由于对接的产品标的不同，所以收益不同，货币基金的7日年化收益是变动的，所以可能这一期余额宝高，下一期就理财通高了。