万州港澳通行证在万州区公安局出入境办证厅办理，地址：万州区江南新区岑公路2号。办公时间：周一至周五：9:00—12:00，14:00—17:30（法定节假日除外），咨询电话：023-966511。
注意事项：
2019年4月1日起，往来港澳通行证、往来台湾通行证等出入境证件实行“全国通办”，即内地居民可在全国任一出入境管理窗口申请办理出入境证件，申办手续与户籍地一致。
出入境证件实行“全国通办”后，可以实现三个“都能办”：全国各地都能办，即内地居民可在全国任一出入境管理窗口申办出入境证件，申请材料与户籍地一致；内地居民都能办，即不受户籍地、居住地等条件限制，内地居民均可在异地申办出入境证件；出国出境证件都能办，往来港澳通行证、往来台湾通行证等都可在异地申办。此外，申请人异地申办赴港澳台团队旅游签注，还可在自助签注机上办理，立等可取。
往来港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国出入境管理局（即国家移民管理局，一个机构两块牌子）签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。