1、性质不同
公租房资产，是指地方政府住房保障主管部门持有的，纳入城镇住房保障规划和年度计划，向符合条件保障对象提供的住房。重庆公租房只要求在重庆有稳定工作，对工资上没有做出规定。
而廉租房的申请对象主要是针对本市城镇低收入，住房困难家庭。分配对象主要是低保户和一些特定保障对象。
2、申请对象不同
廉租房的申请对象仅限于本市城镇低收入住房困难家庭，只有本市市民才可申请；而公租房的申请对象不受区域和户籍限制。
3、房源不一样
廉租房房源更受限制；而公租房没有房源的限制，只要是在重庆范围内的公租房，满足条件你都可以申请。
4、管理方式不一样
公租房申请统一管理，而廉租房每个区都有些许不一样。
5、保障方式不同
公租房由政府出资，符合条件的人群可以申请入住，不得转让、转租、赠与等。租金价格比一般租房价格要低。
廉租房有两种保障方式，一种是租金补贴；另一种是实物配租。租金补贴，是向辖区内符合条件的申请对象发放补贴，由其到市场上租赁住房；实物配租，是我区向辖区内符合条件的申请对象直接提供住房，并按照廉租住房租金标准收取租金。